传统的科研管理模式是科研处为科研管理部门，而研究的基本单位为科研课题组，科研课题组每年通过科研管理部门申报科研项目，经有关部门批准后正式立项启动。科研管理部门对科研项目实行宏观管理，具体实施由科研课题组负责完成；项目完成后，由项目负责人经所在单位向有关部门提出结题或验收申请报告。由于水产科研项目来源途径不同，使得各类科研项目的管理要求也大不相同，每项项目的管理节点和总结汇报要求均存在很大的差别，造成不同科技项目管理的落差，往往出现科研项目执行“一边倒”的现象，“重成果，轻过程”、“重两头（项目、成果的申报），轻中间（科研项目开展）”，科研管理的可执行度较差。

基于ISO9000的水产科研管理体系控制的重点在于科研项目的全过程中各个阶段的质量控制，首先是业务部门和科研课题组的质量控制，其次是科研管理部门的过程质量控制。业务部门和科研课题组在项目实施的全过程中严格执行管理体系的各项规定，按照《科研与成果转化管理程序》、《科研设计开发控制程序》、《过程的测量和监控程序》等相关程序文件和作业文件的要求，对每一个环节做好质量控制。科研管理部门对项目的质量控制重点在于，根据项目的来源、性质和顾客的要求监督项目实施的各过程环节是否满足顾客的要求，是否遵循管理体系的要求，是否控制有效，是否达到了预期目的，使得整个管理体系向规范化发展，便于各级和各层次的有序、规范运作。其目的就是在项目连续过程中对项目的各方面进行策划、组织、监测和控制，并把项目管理知识、技能、工具和技术应用于项目管理活动中，最终保证科研项目圆满完成，使科研项目出成果、出人才、出效益；保证了科研项目各过程输入和输出的合理对应，从而保证科研项目能满足各类顾客的要求，提高管理的可执行度，确保科研项目圆满完成。

按照传统的科研管理模式，项目申报成功后基本由科研课题组独立负责科研项目的研究和执行，除规定的中期和节点工作报告外，基本都在项目结束时期向项目下达部门提出结题和验收申请，期间基本无必须的质量管理要求；项目完成质量也只有在项目完成后相关科研管理人员和专家组成验收小组对科研项目完成情况及质量进行验收评价，一旦出现问题，已无时间改进，往往影响整个科研项目的完成。

基于ISO9000的水产科研管理体系控制方法，是对科研项目过程中任务分解与执行进度由原甘特图表分解细化到对科研项目分段树立里程碑，对执行中关键点的一组输入和输出进行分解，使科研人员始终能清楚地看到目标，容易产生紧迫感，通过努力到达每一个里程碑点，最终顺利实现整体目标；管理人员也可根据分解后的里程碑点对一些阶段结果进行监督评审。另外在整个科研过程中，由相关科研管理人员和专家组成评审小组，对科研项目在实施过程中的关键节点，按照管理文件要求，对输入和输出各种要素和结果进行评审，评审内容包括：科研进度、研究结果、经费、科研资料与记录、仪器设备等，并得出评审意见反馈给科研课题组，确保每个阶段和过程的研究结果符合要求，力求尽早发现问题、及时纠正，进而提高整个科研项目的成功率。

由于水产科研项目很多是为完成某一种独特的创新科技产品或服务所做的一次性努力，具有唯一性、一次性、多目标性、生命周期性、相互依赖性和冲突属性的特征，因此在传统的科研管理模式中，如果以项目结果验收为科研管理和质量控制的方法，往往会造成科研过程的失控状况，使得一些水产科研项目由于过程的控制问题造成科研过程的不可重复性和无法再次研究，势必影响科研项目成果顺利有效地产生和科研周期正常进行，造成资源浪费，甚至造成整个科研项目的质量下降。

基于ISO9000的水产科研管理体系控制方法之一是对科研过程进行识别和管理，对识别出的关键过程按管理要求制订关键过程的控制文件，明确关键控制点、关键参数与要素，明确责任人和关键记录要求，必要时应列出关键过程明细表及关键过程控制要求，以确保科研关键过程的质量，将科研管理贯穿到整个科研过程中去，提高科研项目的质量控制度。