其目的是证实组织的管理体系运行是否有效，可作为组织自我合格声明的基础。在许多情况下，尤其在小型组织内，可以由与受审核活动无责任关系的人员进行，以证实独立性。

组织进行内部审核的原因主要有：质量、环境及职业健康安全国际化管理体系标准的要求；组织管理者自身的一种管理手段；组织履行国家相关法规和其他要求的一种方式；组织对一体化管理体系运行不断改进的一种途径；组织进行内部审核的另一方面原因是在外部审核之前发现问题并予以纠正。

根据标准、程序规定和所审核活动的实际情况及重要性，制定并实施内审年度计划和专项活动计划。质量管理体系内审应对所有过程和部门进行，在规定时间内（通常为一年）覆盖100%；过程审核应对所有关键过程（工序）和因素进行审核，确保关键过程（工序）和因素进入受控状态。

产品质量审核应从适用性角度对最终产品按抽样标准进行定期审核，以期客观反映出产品质量水平及波动规律；服务质量审核应以顾客要求、投诉为主线，主要进行外部（售前、售中、售后）服务的审核，不断适应、满足顾客要求，减少顾客投诉率。

内部审核是GB/T19001-2008以及其他所有管理体系标准所共有的要求。
为使质量管理体系事宜、充分和有效，组织需要进行内部审核以确保质量管理体系发挥预期的作用，而且内部审核能够识别体系的薄弱环节和潜在的改进机会。内部审核是对最高管理者的反馈机制，它能够就体系是否符合GB/T19001-2008的要求为最高管理者和其他利益相关方提供保证。内部审核也是组织自我完善管理体系的一个非常有力的工具，可以在外部审核发现体系不合格之前，由本组织自己先主动发现并加以纠正。可以说，组织管理好内部审核过程是确保质量管理体系有效性的一个关键因素。
组织可以通过内部审核来验证文件化的质量（环境）管理体系是否符合质量（环境）管理体系标准的要求和是否被有效的实施，通过纠正措施的落实来确保消除不合格原因，以防止类似事件的再次发生。
通常质量管理体系内部审核的早期目的是在组织的质量手册和程序文件首次发布时，验证与质量有关的人员是否已经理解了文件的要求，以及文件的规定是否适宜并可以取得预期的效果。其后，内部审核可应用于：
（1）当组织结构、产品结构、制造过程、设备、生产场所或人员发生重大变更时，组织的质量管理体系也要随之作相应的调整以适应这些变更。为对这些变更实施的符合性、适宜性、有效性进行验证，需要时，可以针对这些变更安排例行审核之外的附加审核。
（2）如果出了质量问题，那么在决定纠正措施之前，内部审核（确切地说是过程质量审核）可以用来作为工序（过程）调查的手段，以确定问题的范围和原因。
（3）质量管理体系完全建立以后，内部审核的重点也随之改变，审核的过程将着重于如何改进体系运行的有效性和提高效率。

企业在内部审核时，往往存在内部审核员责权利不一致，从而导致内部审核员在审核工作中面临技术要求和公正性的考验，要高质量和公平公正地完成审核任务需要投入更多的精力去学习掌握相关知识和技能，还要承受较大的心理压力。但企业内部审核员一般都是兼职的，并且在绝大多数企业内部审核员是没有报酬的，岗位额外付出却没有收获，责权利不对，导致内部审核员积极性不高，责任心不强，时间长了，部分基层生产管理骨干不想再当内部审核员。还存在对审核结果不够重视的问题，由于企业对审核结果没有有效惩罚制度，或者怕得罪人，导致审核员不开或慎开不符合项，审核发现结论避重就轻。内部审核发现一般分为观察项、一般不符合项和严重不符合项三类，如果审核发现对管理体系正常运行存在重大影响或者一般不符合项重复发现，应该定义为严重不符合项。有的内部审核员怕得罪人，造成有的企业管理体系运行多年，在内部审核中没有开出一个严重不符合项，有的企业在定期内部审核中一般不符合项越来越少且同质化、重复化严重，甚至有在一次包括体系全面要素和范围的内部审核中没有开出一般不符合项，而全部作为观察项处理的情况。这是管理体系运行中对内部审核结果缺乏重视和考核导致的。